新疆果業本部設立供應鏈管理部、研發部（研究院）、財務管理部、投資運營部，風控法務部（審計部）、安全環保部、黨政辦公室、黨委組織部、紀檢監察部共9個部門，共有職工1400余人，公司黨委現管理基層黨支部11個，擁有二級子公司、業務板塊15家。